1987年3月从尼勒克县防疫站脱离成立了尼勒克县妇幼保健站，开办资金38万元，当时仅有只间破旧的平房。到2002年，妇幼保健站申请建设了建筑面积960平方米的妇幼保健站综合业务楼，总投资74万元，其中：世界银行资金45万元。2009年经县委同意，妇幼保健站正式更名妇幼保健院，医院奉行“以保健为中心，以保障生殖健康为目的，实行保健和临床相结合，面向群体、面向基层和预防为主”的办院方针，是一所集医疗、保健、预防、教学、培训、康复为一体的妇幼保健机构。2009年新建了目前的综合业务楼，建筑面积为4644平方米，共五层，2012年8月竣工并投入使用。

为改善尼勒克县妇幼保健院救护工作的就诊条件和服务能力,使广大妇女、儿童得到及时、方便的治疗，降低转院率和死亡率，推动尼勒克县医疗服务工作健康持续全面发展，对尼勒克县经济的繁荣、稳定起到积极作用。于2020年4月，申报了伊犁州尼勒克县妇幼保健院综合住院楼建设项目，该项目2022年5月实施建设，项目总投资6800万元，其中政府专项债5000万，地方预算内投资1800万，建设总面积为8000平方米，住院楼共计六层。目前占地面积18235平方米。